Era il 23 febbraio del 2008 quando Papa Benedetto XVI nominò Francesco Montenegro Arcivescovo di Agrigento.
Nel maggio 2013 è divenuto presidente presidente della Commissione episcopale per le migrazioni della CEI.
L’8 luglio 2013 accoglie Papa Francesco a Lampedusa nel suo primo viaggio da pontefice.
Nel 2015 proprio il Papa lo ordina cardinale e nello stesso anno diventa presidente della Caritas.
Adesso il cardinale Francesco Montenegro – che oggi spegne 75 candeline – per raggiunti limiti di età lascia la guida dell’arcidiocesi dopo 13 anni, e nell’ultima celebrazione, per salutare i fedeli durante la messa Crismale ha lasciato questo augurio: “L’augurio è di essere Chiesa della Misericordia”. Poi ha riferito che il Papa gli ha chiesto di andare a Roma.
Al suo posto a guidare la chiesa di Agrigento ci sarà l’arcivescovo Alessandro Damiano